Als Alter der Höhlen nahm GÜMBEL (1891) die Quartärzeit an. Er kannte noch nicht die spättertiären bis altquartären Sedimente der Moggaster Höhle und die Zeugnisse unterkretazischer Verkarstung.
NEISCHL (1903) glaubte, die Höhlen seien im jüngeren Tertiär entstanden; während der Orogenesen im Alpenraum sollen auch das süddeutsche Tafelland durch den Gebirgsdruck in Schollen zerlegt worden und die herzynisch und die erzgebirgisch streichenden Klüfte entstanden sein. In derselben Zeit habe sich auch die Waischenfelder Randstörung herausgebildet, verbunden mit starken Erschütterungen des Bodens, wodurch die großen Höhlen in ihrer Nähe sicher eingestürzt wären, hätten sie damals bereits bestanden. Die Kenntnis, daß Verwerfungen auch allmählich entstehen können, war seinerzeit noch nicht verbreitet; außerdem berücksichtigte NEISCHL nicht die hohe Standfestigkeit des Frankendolomits. Somit kam der Fehlschluß über die "spättertiäre Anlage der Höhlen" zustande.
SPÖCKER (1952) gab ein klares Bild der Karstentwicklung: Vom Ende des Oberjura bis zum Oberturon entstand ein Karstrelief mit Kesseltälern und Dolinen. Ab Oberturon wurde die alte Karstlandschaft mit mächtigen Sanden und Tonen überdeckt. An der Wende Pliozän/Quartär wurde das alte unterkretazische Relief erneut freigelegt, und im Pleistozän wird die Landschaft erosiv weiter ausgestattet. Die erste Verkarstungsperlode dauerte somit etwa 40 Mio. Jahre. Die tiefe Verkarstung ergab z.T. bis unter das Niveau der heutigen Flußsohlen eingetiefte Karstgerinne. Bei der tertiären Abtragung war die Heraushebung der Nördlichen Frankenalb nicht so stark, daß der Karst vor Ende des Tertiärs freigelegt worden wäre (SCHRÖDER 1971); seit der Wende Tertiär/Quartär entwickelte sich dann aber ein Talnetz mit einer Einschneidung von 150 -180 m.
SCHRÖDER (1968) nimmt an, daß der unterkretazische Karst frühestens ab Jung-Pliozän freigelegt wurde. Am Unterlauf der Wiesent rechnet er mit einer maximalen Eintiefung (200 - 250 m) der Täler im Mindel-Riß-Interglazial von der Pliozän/Quartär-Oberfläche her. Da seitdem die Vorfluter entsprechend stark eingetieft waren und die mächtige Malmtafel hoch über den Grundwasserspiegel herausragte, konnte die subterrane Wasserzirkulation voll wirksam werden; die zweite Verkarstungsperiode begann, wobei der alte Karst weiter zerfressen wurde.
Auch die oberflächlich sichtbaren Karstphänomene sind zum
großen Teil bei der ersten Verkarstungsperiode entstanden. SCHNITZER (1967) setzt die
Entstehung der großen Kesseltäler um Burggaillenreuth in die Unterkreide; die darin
befindlichen Dolinen sind aber wohl wesentlich jünger (POLL 1972). Die unterkretazische
Karstlandschaft war also schon sehr weit entwickelt. Für das benachbarte obere
Pegnitzgebiet konnte SPÖCKER (1950) für die Zeit der voroberturonen Landphase einen
Karst im Stadium hoher Reife nachweisen. Seine Oberfläche war sehr unruhig, und die
Verkarstungsphänomene erreichten eine Tiefe bis zu 200 m. 
Für das Alter der jüngsten Verkarstung lassen sich gewisse Anhaltspunkte aus Funden entnehmen, die im Zuge der Arbeiten im neuentdeckten Teil der Zoolithenhöhle gemacht wurden: Ein großer Teil der Höhlenwände ist mit Sinter verkleidet; der Sinter überzieht auch Knochen von Höhlenbären, die in der Höhle abgelagert wurden. Das Alter dieser Ursus spelaeus-Knochen wird auf etwa 30 000 a geschätzt (freundl. mündl. Mittl. Th. GROISS/Erlangen).